La iglesia donde se habría de bautizar el artista pertenece al grupo de templos gótico mudéjares que tanto abunda en la zona del centro urbano. San Pedro cuyos orígenes se remontan al siglo XIV estaba terminando de consolidarse en los años en que Velázquez la debió conocer. En esos años iniciales del siglo se estaba concluyendo la portada de los pie, aunque la imagen de San Pedro será realizada ya en 1624 por Martín Cardino, cuando el pintor ya vivía en la Corte. La torre también existía pues su cuerpo de campanas se culminó en 1593, aunque posteriormente será muy restaurada tras el terremoto de Lisboa que tantos daños causó en la ciudad.
En su interior aún se conserva en el baptisterio la pila bautismal en la que Diego Velázquez fue bautizado el 6 de junio de 1599. De ello queda constancia en los libros de bautismo custodiados en el Archivo de la parroquia. Pese a que la actual decoración de la iglesia ha sido muy modificada en ella se pueden encontrar algunas piezas que el propio Velázquez pudo contemplar de joven. Tal vez, la imagen escultórica más conocida es la del Cristo de Burgos, realizada por Juan Bautista Vázquez "el viejo" en 1573. Interesante por la importancia de su autor son las pinturas sobre tablas firmadas por Pedro de Campaña en 1540. En la actualidad se encuentran en un retablo recompuesto en el siglo XIX situado a los pies de la nave del evangelio.
Asimismo, son interesantes las cuatro pequeñas pinturas fechadas entre 1617 y 1620 y realizadas por Francisco de Herrera, que se ubican en el banco del retablo de las Animas. En la misma nave de la epístola, en la última capilla, se haya también un notable cuadro realizado por Juan de Roelas en 1612 cuyo tema iconográfico recoge la liberación de San Pedro.