El convento de monjas cistercienses fue construido en el reinado de Alfonso X el Sabio sobre los terrenos que ocupaban algunos palacios abbaditas, aunque de su primitiva fundación quedan pocos restos, en un conjunto que fue muy transformado en los siglos XVI y XVIII. El apoyo real supuso para el convento la concesión de privilegios que aumentaron la riqueza y poder del mismo, sirviendo incluso de panteón real su capilla mayor en la que se encuentra enterrada doña María de Portugal, viuda de Alfonso XI, en el presbiterio en un modesto sepulcro, así como algunas infantas. El esplendor y riqueza del monasterio se diluyó con motivo de la desamortización, momento a partir del cual el convento pierde sus tierras y posesiones, iniciándose un período de decadencia, que aún no se ha subsanado.
El interior de la iglesia, de una sola nave, está cubierto con un magnífico artesonado de mediados del siglo XVI, mientras que las paredes se cubren con pinturas murales al temple, algunas de ellas obra de Lucas Valdés de carácter geométrico y vegetal en los muros laterales del presbiterio, y otras de época posterior relacionándose con algún seguidor de Domingo Martínez. Más importantes son cuatro grandes pinturas de Lucas Valdés en la parte alta de esos muros representando episodios de la vida de San Clemente, siguiendo los dibujos de su padre, Juan de Valdés Leal, quien sí realizó sobre el muro del coro la entrada de San Fernando en Sevilla, fechada hacia 1683, obras que hay que relacionar con la presencia en el convento de una hija del pintor. La capilla mayor se cubre con bóveda semiesférica sobre pechinas. Al fondo se encuentra un magnífico retablo, obra de Felipe de Rivas entre 1639 y 1647, interviniendo en la policromía del retablo Juan de Valdés Leal. Otros retablos se disponen en la nave de la iglesia, de gran interés el retablo de la Virgen de los Reyes, fechable a mediados del XVII, presidido por una imagen de vestir del siglo XIII.
En el muro derecho hay un retablo reformado en 1610 por Francisco de Ocampo, que contiene una magnifica escultura de San Juan Bautista, obra de Gaspar Nuñez Delgado, y unas pinturas que representan a Profetas, Padres de la Iglesia y los Evangelistas, realizadas por Francisco Pacheco en 1613. Al final se sitúa una escultura de un Cristo yacente en una urna del siglo XVII. Muy rica es la orfebrería del convento, destacando un cáliz del segundo tercio del XVI obra de Alfaro y una custodia procesional del XIX.