El templo presenta una sola nave dividida en tres tramos cubriéndose con bóvedas nervadas apeadas en ménsulas, siendo decoradas con una fingida labor de sillares. El presbiterio, elevado sobre gradas, para ser visto por todas las religiosas desde cualquier lugar del coro alto, está ocupado por un retablo del primer tercio del siglo XVIII, con algunas reformas posteriores.
Los retablos existentes en la nave corresponden al lenguaje neoclásico del siglo XIX, aunque albergan esculturas y pinturas de época anterior. Hay que destacar en el muro de la izquierda las esculturas de San Francisco y San Antonio de Padua, ambas de la primera mitad del siglo XVII, o la de Santa Clara, de la centuria siguiente. En el muro derecho, sobresale el San José del setecientos, repintado en fechas más tardías. Asimismo, en este muro se encuentra el lienzo de "Jesucristo, fuente de la vida", alegoría del Santísimo Sacramento de la Eucaristía al que tanta devoción profesan las religiosas franciscanas.
El tramo de los pies del templo se halla ocupado por un doble coro. El alto es cerrado por una magnifica celosía de madera rematada por tres cartelas manieristas. Las laterales están ocupadas con los escudos de la orden, el de San Francisco y el de Santa Clara, mientras que en la central, flanqueada por dos jarrones, aparece un lienzo de la "Santa Faz". El coro bajo, que actualmente es el más utilizado, se separa de la nave del templo con un doble reja, entre las que se dispone un pretil decorado con azulejos. Asimismo, es muy interesante la cratícula o comulgatorio de las monjas.