Del antiguo monasterio sólo queda la iglesia, levantada en el siglo XVI, con diversas reformas posteriores, pero, hay que advertir que tampoco es éste edificio el de la construcción primitiva. La iglesia original, así como el resto de las dependencias del convento, posiblemente, corresponderían a principios del siglo XV. Fueron dos los conventos franciscanos fundados en Jerez de la Frontera, el de religiosos regulares con el nombre de Real Convento de San Francisco y el de observantes bajo la advocación de Madre de Dios. Este último, tuvo una vida efímera, apenas ochenta años, ya que en 1497, al dejar los regulares su cenobio, los observantes lo ocuparon, por ser éste de mayor capacidad.
El abandonado edificio de Madre de Dios, fue rápidamente ocupado por un grupo de mujeres piadosas, quizás terciarias franciscanas. Tras diferentes esfuerzos por parte de Fray Manuel de San Martín Orvallo, segundo Ministro provincial de la Seráfica de Andalucía, consiguió que un grupo de clarisas ocuparan esta casa. En 1504, tomaron posesión del nuevo Convento femenino de Madre de Dios las religiosas Sor María Carrillo, como abadesa, Sor Ana González, Sor Catalina Galindo, Sor Eufrasia de la Cruz, Sor Francisca Marroquí, Sor Isabel Cisneros y Sor Leonarda Ximénez.