La fundación del Hospital data de 1626, de manos del Jurado D. Bartolomé Robledano y de su esposa Dª Florentina del Carmen, dedicando su propia casa al cuidado de enfermos pobres y convalecientes, atendidos por ellos mismos y sus criados. Tras la muerte de su esposa, el Jurado propuso a la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios que se hiciera cargo del Hospital, a lo que la Orden accedió. Pero por diversos problemas con el Cabildo de la ciudad, unido a la muerte del fundador, no tomarán posesión hasta 1655, haciéndose efectiva de manos del Padre Fray Jerónimo de Lucena, convirtiéndose desde ese momento en convento Hospitalario con la advocación de San Pedro, San Pablo y San Juan de Dios.

El edificio, al ser donado a la Orden Hospitalaria, fue objeto de una serie de transformaciones que cambiarían su morfología originaria. Así en 1628 el Provisor les dio licencia para consagrar la iglesia, que se había construido paralela a la fachada del edificio, y decir misa en ella a los enfermos. Además contaba con enfermería alta y baja, claustro, portería, cocinas, corral, cementerio y una serie de dependencias para la habitación de los frailes, como las celdas.

En 1853, a consecuencia de la Desamortización, el hospital fue suprimido, continuando hasta 1851 funcionando como hospital militar, siendo abandonado con posterioridad, pasando en época incierta a manos del Ayuntamiento, lo que supuso la ruina del edificio. A principios del siglo XX, concretamente en 1905, la parte correspondiente a la iglesia y portería habían perdido sus techumbres. Tras varias restauraciones, el Consistorio Municipal lo destinó a varios usos muy diversos, pasando desde Cuartel de la Guardia Civil, cocheras, almacenes, etc. Aún así hoy día se pueden apreciar en los muros exteriores restos de pinturas murales cuyo programa iconográfico se vislumbra bajo el blanco de la cal.

Actualmente, casi ha desaparecido el conjunto de pinturas murales que se podían admirar hace tan solo algunos años.