Fundación
Fue en la ermita de San Gregorio, extramuros de la ciudad, el primer asentamiento que tuvo la comunidad de Frailes Menores de la Orden de San Francisco. Tras elegirse un lugar en el centro de la población para proceder a la fundación, se iniciaron las obras, a las que se opuso varias veces el pueblo, llegando incluso a derribarlas.
Gracias a la intervención de los caballeros D. Federico Manrique, D. Fernando de Aguilar y D. Juan Fernández Galindo, patronos de la fundación del convento, que mandaron custodiar las obras, pudieron proseguir hasta que se finalizaron en 1473.
Iglesia
La Iglesia en su origen era de estilo gótico-mudéjar del cual se conservan algunos elementos aunque enmascarados por las sucesivas transformaciones.
La planta de la iglesia es de cruz latina con tres naves y crucero. La nave central se cubre con bóveda de cañón con lunetos, las laterales con bóveda de aristas y el presbiterio por media naranja sobre pechinas. De la primitiva fábrica se conserva en el crucero la bóveda sexpartita y en los brazos laterales bóvedas estrelladas, así como la portada de ingreso desde el atrio, aunque muy transformada.
En el siglo XVIII se reforma el conjunto y se realiza la construcción de una serie de capillas que se adosan a la fábrica, como la capilla de la Virgen de los Dolores, la de la Venerable Orden Tercera y la de la Oración en el Huerto, ésta última en el compás.Además de la iglesia, el convento contaba con todos los elementos característicos de este tipo de edificios, de los que destacaban tres claustros con capillas, jardines y huertas. La sala del Capítulo o el refectorio, estaba cubierta por bóveda de cañón con lunetos, fue reutilizada como vestíbulo del Cinema Cabrera, hoy día desaparecido tras ser derribado por inminente ruina.
Compás
La Orden Franciscana, debido a su carácter mendicante, siempre estuvo abierta a albergar dentro de los claustros, patios y compases de sus conventos, la construcción de capillas de particulares y hermandades, beneficiándose de la institución de dotaciones y memorias de misas que ellos mismos regían, algunas de las cuales llegaron a poseer enterramientos propios.
Todo el conjunto se decora con azulejos y ladrillo cortado. En la capilla de la Veracruz se conserva otra espadaña de menores proporciones, consta de un solo vano flanqueado por pilastras almohadilladas.
En el compás existen en la actualidad tres capillas, siendo la más importante la que poseía la extinguida Hermandad de la Vera Cruz, de una espaciosa nave con tres retablos, sacristía y espadaña.
Frente a la capilla anterior se sitúa la de Nuestro Padre Jesús de los Milagros, cerrada por una reja de hierro forjado situándose al fondo un retablo que aloja un lienzo que representa a Jesús con la Cruz a cuestas con la advocación antes mencionada.
La tercera capilla dedicada a Nuestro Divino Salvador, se encuentra ubicada junto a la puerta principal. Es de planta rectangular, simulando su alzado un arco cuadrifonte coronado por cúpula sobre pechinas y cerrada al frente por una reja de forja. La decoración se realiza a base de yeserías que simulan elementos vegetales, situados en la clave de los arcos, pechinas y pina central de la cúpula. ésta se divide en ocho casetones en los que se representan, pintados al fresco, los siete arcángeles, tocados con coronas de flores caminando sobre nubes, en los que destaca el color casi negro de su piel.
Portadas
A los pies de la nave central se encuentra la portada de la iglesia que la comunica con el compás. Presenta un arco conopial entre baquetones góticos a la que se le superpone una estructura adosada conformada por un gran arco carpanel sobre pilastras, el conjunto se remata con una cornisa y el paramento está adornado con motivos de sillares.
La portada de acceso desde la Plaza de España al atrio, consta de una arcada de medio punto flanqueado por dobles pilastras superpuestas. éstas sostienen un entablamento, cuyo friso se decora con rosetas y triglifos. En las enjutas del vano sobre uno de los tondos circulares hay una inscripción que reza: Año de 1630. Este cuerpo se remata con un frontón triangular partido que alberga una hornacina rectangular con pilastras de capitel acanalado cerrando el conjunto un frontón curvo. La hornacina alberga una escultura de bulto redondo en terracota de San Francisco de Asís. Sobre ambos frontones aparecen una serie de pináculos que dotan de cierta verticalidad al conjunto.
Cuenta con otra portada que pone en comunicación el atrio con la Calle San Francisco. Realizada en ladrillo es de gran sobriedad, articulándose en torno a un gran vano central rectangular coronado por un pequeño frontón partido de cuyo centro emerge una cruz.
Espadaña
En 1620 un huracán desmanteló la primitiva espadaña, construyéndose de nuevo. Consta de dos cuerpos, el inferior con dos arcadas de medio punto flanqueados por pilastras, rematado por un frontón partido de cuyo centro emerge el segundo cuerpo de una sóla arcada, rematado por frontón triangular.