Las primeras referencias documentales que se tienen de Juan del Castillo lo sitúan ya en Sevilla en 1611. Tanto la fecha de su nacimiento como la de su muerte son desconocidas, suponiéndose la primera en torno a 1590, mientras que su muerte se supone ocurrió en torno a los meses finales de 1657 o principios de 1658.
Las obras más importantes se situan en la década de 1630. En 1634 contrataría el retablo mayor de la iglesia sevillana de San Juan de la Palma, hoy en San Juan de Aznalfarache y dos años después contratará el de la iglesia de Monte Sión, actualmente en el Museo de Bellas Artes de Sevilla. Durante esas fechas estuvo intimamente ligado al pintor Alonso Cano quien habrá de influir en su producción artística.
Sus más claros maestros serán Juan de Roelas en los primeros momentos, para más tarde seguir a Velázquez y a Francisco de Zurbarán. La influencia de los grabados italianos y flamencos acabarán por consolidar su estilo que más tarde pasará a su discípulo Murillo.
Las primeras obras de Juan del Castillo son las realizadas en torno a 1610 para la iglesia de Santa María en Carmona. Dos años después, pintará su alegoría de la Eucaristía para la iglesia de la Compañía de Jesús y que en la actualidad se conserva en la Universidad. Casi diez años después, en 1620, pintará el retablo mayor de la iglesia del Espíritu Santo en Sevilla, que se hallan actualmente en la iglesia parroquial de Brenes. Probablemente de las mismas fechas sea el lienzo de la aparición de Cristo a Santa Teresa de Jesús, en la iglesia del Espíritu Santo de Sevilla.
El ciclo para el retablo mayor del convento sevillano de Santa Isabel se data en 1625 tras lo cual comenzará con las obras citadas para la iglesia de San Juan de la Palma y Monte Sión en Sevilla. En su última etapa, Juan del Castillo asumirá un estilo dulcificado que sabrá trasmitir a su discípulo Bartolome Esteban Murillo, quien en esos momentos comenzaba sus primeras obras.