Es de una sola nave y planta rectangular. En la actualidad está cubierta por un techo adintelado de nueva factura que sustituyó a la bóveda de cañón que poseyó durante el siglo XVIII y que a su vez debió sustituir la techumbre de origen mudéjar de la que aún se pueden observar algunos restos en el coro alto. La mayor parte del edificio se culminó, como ya se dijo, en el siglo XVI, pese a que las numerosas intervenciones posteriores han modificado notablemente su aspecto. Durante todo el siglo XVIII se debió intervenir abundantemente en la iglesia como lo demuestran los abigarrados ventanales de la iglesia. Esta fachada habría de completarse con posterioridad, en 1815, cuando Torcuato José Benjumeda, uno de los arquitectos más importantes del periodo neoclásico realizase las dos portadas de ingreso a la iglesia. Estas, realizadas en mármol, reflejan el gusto estricto y geométrico de las primeras décadas del siglo XIX.
Muchas de las obras de la iglesia se deben según narra el viejo historiador de la ciudad Guillaumas a la intervención de dos piadosas damas. En el se lee "más habiendo entrado en el a fines del siglo XVII las señoras Sor Ana y Sor Antonia de Vint y Lila, que dejaron grande fortuna en el siglo por abrazar la vida religiosa, empezaron a decorar suntuosamente esta iglesia con las rentas que se reservaron de sus ricos patrimonios".
En la iglesia se debe prestar especial atención al comulgatorio que situado a los pies para facilitar la comunión de las religiosas se cierra con una potente e interesante reja. Asimismo, es muy interesante el retablo mayor, también del siglo XVIII.
Los laterales de la iglesia están ocupados por retablos de gran interés. Especial mención merece el depositado por la actual duquesa de Medina Sidonia procedente de la iglesia de la Merced. La imagen central es un crucificado de corte gótico flanqueado por dos lienzos atribuidos a Roelas, uno de la Virgen y otro de San Juan. Interesante resulta también el actualmente dedicado a San José.