La vida de la comunidad, no sería tan fácil en los siglos posteriores pues debieron abandonar su casa en varias ocasiones. La primera vez que las religiosas debieron dejar la oración común y sus hábitos diarios será en 1702, cuando ante el peligro de la invasión inglesa fueron trasladadas al convento sevillano del mismo nombre. Casi un siglo después, en 1810, ante el avance de las tropas enemigas, en este caso el de las francesas de Napoleón, vuelven a salir de su perseguida clausura, para alojarse con sus familias. La siguiente expulsión de su voluntario retiro se producirá con la revolución cantonal de Sanlúcar. "La Cantonal", como así se conoció, hizo que en 1873, ante el peligro inminente de ser atacadas, fuesen trasladadas al vecino convento de Regina Coeli. Será en este momento cuando más sufra el monasterio ante los injustificados ataques de los revolucionarios, quienes veían en la iglesia uno de los orígenes de todos sus males. Pero no habría de acabar hay su éxodo particular, pues la última salida se produjo en este mismo siglo, durante la Segunda República. Todos estos avatares han hecho que el monasterio perdiera muchas de sus importantes obras de arte, aunque otras afortunadamente pudieron ser milagrosamente salvadas.