El 24 de septiembre de 1734 don Luis Salcedo y Azcona, arzobispo de Sevilla, colocó la primera piedra del templo al que habría de contribuir con generosas aportaciones de su propio capital. Al frente de la obra del nuevo convento se colocaron el maestro de obras Andrés de Panyagua y el síndico Francisco de Vos. Sin embargo, este no contaría "con la decencia completa para su clausura" hasta dos años después. Su instalación fue festejada, como se narra en los documentos guardados en su archivo, con una espectacular procesión. En ella participaron, junto a las hermanas, las autoridades civiles y religiosas de la ciudad y de las vecinas Cádiz y Sevilla, con la que como ya se vio estaba tan íntimamente ligado el nuevo convento. No obstante la bendición de la iglesia no se produciría hasta el 31 de enero de 1747.
Así permaneció la comunidad en su primitivo emplazamiento, hasta que hace poco más de veinte años, ante la dificultad de mantener un edificio con grandes problemas de conservación, las religiosas optaron por buscar una nueva ubicación, más asequible al número de hermanas que en aquellos momentos vivían en él. Sin embargo, todavía hoy, el relato de la abadesa se llena de nostalgia cuando habla de su antiguo convento y lamenta la venta en una cifra tan irrisoria que ni siquiera les dio para poder pagar completamente el edificio donde actualmente residen. "Eran otros tiempos", y ni la conciencia del inmenso patrimonio histórico que perdían era tan valorada, ni las conciencias de aquellos que promovieron su venta debieron estar tan tranquilas como el aire que ahora se respira en su alejado retiro. De esta forma la magnífica fábrica del convento de San Miguel Arcángel de El Puerto, y tras diversas vicisitudes, se convirtió en el actual "Hotel Monasterio". En éste, pese a su nuevo uso, aún se conservan muchos de los ámbitos conventuales apenas modificados. Dignos de admirarse son la portada de acceso, con la imagen de Santa Clara en su hornacina central, o la portada de la antigua iglesia con la imagen de su titular San Miguel. Asimismo, la iglesia aun conserva su planta rectangular, su bóveda de cañón, el antiguo coro alto a los pies y su antigua capilla mayor cubierta con bóveda sobre pechinas. Igualmente, queda en pie tras su importante restauración el claustro conventual. Adosado al muro del evangelio de la iglesia, y de proporciones cuadrangulares. Este sorprende por no configurarse como la mayoría de los claustros conventuales. En el no hay galerías porticadas a su alrededor, sino sólidos muros interrumpidos sólo por tres puertas adinteladas a cada lado.
Pero estos son ya sólo recuerdos, a veces nostálgicos de algunas hermanas. Pese a su nueva ubicación, en la zona del pago de la Caridad, en la muy conveniente calle del Convento, la comunidad, compuesta por doce hermanas, no se siente alejada de la ciudad y son muchos los que de continuo las visitan, y eligen sus locales como lugar de reunión y comunión religiosa. Comunidades neocatecumenales, que intentan tomar con nuevos impulsos su fe católica, comparten a veces sus preocupaciones e instalaciones con estas religiosas de serenas vidas. A la oración tan sólo se une el trabajo en su huerta, las labores en sus casi 14.000 metros cuadrados, permiten a las religiosas las ventas de productos, sobre todos los de su granja avícola, para poder subsistir. Antiguamente realizaron labores de costura y bordados, pero hoy tan sólo complementan sus trabajos con las labores de planchado y pequeños bordados para marcas de camisas y pañuelos.
Tras el traslado, realizado el 10 de octubre de 1975, la escasez de recursos incluso llevó a la comunidad a tener que vender algunos bienes, para poder hacer frente a las numerosas y no se sabe porque tan costosas obras, que la nueva fábrica supuso. No obstante las piezas más significativas del convento acompañaron a las religiosas en su doloroso éxodo hasta su Nuevo Convento.