La fundación del convento portuense estuvo íntimamente unida al desarrollo religioso del convento sevillano de Santa Rosalía, también de monjas pobres capuchinas. Este último fue creado bajo el impulso del arzobispo Jaime de Palafox y Carmona, quien habiendo estado encargado por el rey Carlos II de la sede de Palermo, trajo la devoción por la santa italiana cuando fue trasladado al arzobispado sevillano. Para erigir un convento en Sevilla, bajo esta advocación trasladó a cinco monjas desde Zaragoza, que se encargaron de la primitiva fundación. Una de ellas era su propia hermana, quien sería fundamental a la postre para la creación del convento portuense. Prácticamente desde su llegada a Sevilla, sor Josefa Manuela de Palafox y Carmona, pensó fundar un convento de su misma orden en El Puerto de Santa María. Sin embargo, habría de ser su sucesora sor Clara Gertrudis Pérez, quien tras su muerte en 1724 llevase a cabo todos los requisitos para la ansiada fundación.
En 1727 conseguirá la licencia, para llevarlo a cabo, del señor de El Puerto, el duque de Medinaceli. Tres años después en enero de 1730, cuando ya la ciudad pertenecía a la Corona, se produce el traslado de las primeras religiosas desde Sevilla.