La mayor parte del patrimonio artístico con que cuenta el monasterio se localiza en la iglesia. Al igual que el resto del convento, el templo es de reducidas dimensiones, pues cuenta con una sola nave de dos tramos con crucero, no manifestado al exterior, y presbiterio. Tanto los espacios primeros como el último se cubren con bóveda de cañón, mientras que en el crucero aparece una bóveda semiesférica sobre pechinas. El acceso desde la calle a la iglesia se sitúa a los pies, existiendo sobre el cancel, que marca la transición entre el espacio mundano y el religioso, el coro alto. Cerrado por una tupida celosía, avanza, en el primer tramo de la nave, por medio de tribunas, aunque hoy en día el más usado es el coro bajo.
En la nave del templo se abren, en las paredes laterales, arcos de medio punto que sirvieron para alojar retablos. En ellos, en el lado del evangelio, se conservan el retablo-marco de un solo cuerpo y banco con la pintura de la Piedad, del segundo tercio del siglo XVIII, y la hornacina neoclásica ocupada por el fundador de los Mínimos, San Francisco de Paula, interesante escultura del siglo XVII, repolicromada en la centuria siguiente. En el muro frontero, en un retablo-marco idéntico al anterior, el lienzo de "la Coronación de Santa Gertrudis por Cristo y la Virgen". La escena se desarrolla a un nivel intermedio, entre las Ánimas del Purgatorio y la Gloria, en la que aparece el Espíritu Santo y Dios Padre. Por último, el presbiterio está ocupado por un Calvario, compuesto por Cristo Crucificado, al centro, y las imágenes de vestir de San Juan y la Virgen, en los laterales.