El templo está compartimentado por grandes contrafuertes interiores con tratamiento de pilastras adosadas, cuyas cañas se ornamentan, al igual que las rocas de los arcos que sustentan, con molduras formando registros geométricos. La nave, como es característico en estas construcciones barrocas, se cubre con una bóveda de cañón con arcos fajones y lunetos, mientras que, en el tramo que sirve de crucero, aparece un casquete semiesférico sobre pechinas, con decoración mixtilínea. Las pechinas son ocupadas por lienzos ovales en los que se representan los Padres de la Iglesia.
Al mismo siglo XVIII corresponden también la mayoría de los retablos que se conservan en su interior. Así, en el lado del evangelio, a los pies, junto al coro de las religiosas, se encuentra el retablo dedicado a San José. Esta máquina arquitectónica del primer cuarto del setecientos, está formada por un banco y un cuerpo dividido en tres calles por columnas. Éstas se encuentran ocupadas por las esculturas de San Antonio de Padua y Santa Bárbara, flanqueando la imagen del santo titular, obra de reciente creación. En el ático, el Arcángel San Miguel. De la misma época, es el presidido por la imagen de San Agustín, encontrándose en las calles laterales, las pinturas de San José con el Niño y la Adoración de los Reyes. En el remate, en una vitrina, la Cabeza del Ecce Homo y, sobre éste, un lienzo que representa la Trinidad con los Corazones de Jesús y María.
En el mismo tramo, pero en el lado contrario existen también dos retablos. En uno de ellos se representa a Cristo, como fuente de la vida acompañado por Santo Tomás de Villanueva y San Nicolás de Tolentino ayudando a las ánimas del Purgatorio. El otro retablo, el del Calvario posee una hornacina central que alberga a Cristo en la Cruz, pudiendo fecharse entre 1630 y 1660.
También del tercer tercio del siglo XVIII son los dos retablos hornacinas del crucero. El del lado del evangelio, está ocupado por la imagen de vestir de Santa Rita, obra relacionada con las de los círculos de Blás Molner y de Cristóbal de Ramos. En el lado contrario, la imagen de San Nicolás de Tolentino se pueden datar en el segundo cuarto del siglo XVII. Asimismo, son interesantes las pinturas murales que sirven de complemento al retablo de Santa Rita . El retablo mayor es también uno de los pocos elementos conservados de la decoración del seiscientos, aunque ligeramente reformado.
A los pies, como es habitual en los conventos de clausura, se sitúan los dos coros del convento. El coro bajo fue realizado en 1617, según el testimonio que aparece en uno de los capiteles que sujetan la techumbre, donde se lee: "Se acabó esta obra año 1617". Pero, al igual que el resto del convento, sufrió una nueva remodelación en el siglo siguiente, apareciendo ésta fechada en la antigua reja del coro, donde puede verse la inscripción con los años 1773 y 1775. Asimismo, resulta especialmente interesante el , situado a los pies de la iglesia.