La iglesia construida en el primer tercio del siglo XVII, es de una sola nave cubriéndose con bóveda de cañón fragmentada por arcos fajones y lunetos, en los que se disponen los vanos de iluminación del templo. En la clave de las bóvedas se sitúan placas recortadas con cartelas. En éstas aparecen los símbolos alusivos a la Orden y a los fundadores del convento. Así, entre los primeros, se encuentran dos escudos, el de la orden franciscana, formado por dos brazos cruzados, el de San Francisco y el Cristo, sobre una cruz, y el alusivo a Santa Clara, la custodia.
En el presbiterio se encuentra el retablo mayor realizado en la primera mitad del siglo XVIII. Dividido en tres calles por estípites, aparecen las imágenes de San Francisco y Santa Clara, a la izquierda, San Antonio y Santa Coleta, a la derecha. Al centro, ocupando el camarín, una Inmaculada Concepción. En el ático se encuentra San José con el Niño.
El resto de los retablos que aparecen en la nave del templo, fueron realizados en torno al último tercio del siglo XVIII, posiblemente producto de un intento de renovación de la ornamentación del templo por parte de los patronos que concluiría con la construcción de la portada en 1797. Entre ellos merece la pena contemplar los dedicados a los santos fundadores de la Orden, el San Francisco y el de Santa Clara, situados en el muro derecho, y el de San Pascual Bailón, que al estar relacionado con la creación de este convento, las religiosas le tienen una gran devoción, siendo especialmente celebrada su festividad. Junto a ellos, se encuentra el singular púlpito, con su escalera de perfil ondulado que, siguiendo los cánones del gusto rococó, se adorna con espejos, rematándose, en el tornavoz, con grandes volutas florales que sirven de base a la custodia de Santa Clara. Atención muy particular merece la zona de los pies de la iglesia, donde se sitúan las celosías de los coros alto y bajo y una serie de lienzos de gran interés.