Es de planta de cruz latina con una sola nave de cuatro tramos, articulada por pilares con pilastras toscanas adosadas, que separan las distintas capillas laterales. La cubierta es de bóveda de cañón, quedando la del presbiterio decorada con registros geométricos tomados de origen serliano. A los pies se sitúa el coro alto ocupando los dos primeros tramos de la iglesia, bajo él, la capilla dedicada a San Antonio de Padua. Esta posee un retablo de finales del siglo XVIII o principios del siglo XIX en cuya hornacina se ubica la imagen del santo. Desde ella se accede a la pequeña capilla exterior que se encuentra junto a la portada de la iglesia.
La segunda capilla del lado de la epístola cobija un retablo dedicado a la Virgen del Carmen. Fue mandado construir por Estaban Espinosa Blanqueto en 1732 y en un principio estaba dedicado a la Inmaculada, cuya imagen fue sustituida por la del Carmen. El retablo consta de mesa de altar, un cuerpo articulado por estípites con hornacina central flanqueada por dos tablas de Santa Bárbara y San Esteban, esta última en honor al donante del retablo. Un ático con un lienzo de la Resurrección de Cristo, y a ambos lados lienzos ovalados representando a San Joaquín y Santa Ana, cierran la composición.
En el crucero se halla un retablo dedicado a San Juan, conocido, por su programa iconográfico, como el de los Santos Angeles, y que seguramente estaría en la capilla donada por las religiosas a Diego Iparraguirre, protector del convento. Datado en el primer tercio del siglo XVIII, consta de un cuerpo con hornacina donde se sitúa la imagen de San Juan flanqueada por dos calles y ático. En la calle izquierda dos lienzos representan a un ángel turiferario y al arcángel San Gabriel. En la derecha, los lienzos representan a San Miguel arcángel con un corazón en llamas y el superior al arcángel San Rafael con el pez y la vara de peregrino. En el ático se encuentran un lienzo rectangular representando un arcángel con la espada en la mano, que también pudiera ser San Miguel, y a ambos lados dos pequeños lienzos ovales que también muestran ángeles.
En el brazo del crucero aparece otro retablo, de mediados del siglo XVIII, con hornacina flanqueada por estípites y rematada por escudo y corona, dedicado a San José con el niño.
En el lado del evangelio, la primera capilla, que anteriormente era la del Nazareno, cubre con bóveda de aristas y acoge un retablo dedicado a la Virgen de la Consolación, datado en 1693. Este, con algunas reformas que afectaron a la mesa de altar y las hornacinas, posee un cuerpo con tres calles, con columnas salomónicas y hornacinas. En la central, la imagen de la Virgen de la Consolación, a su lado derecho Santa Inés de Benigani y a la izquierda San Nicolás de Tolentino.
En el crucero se halla un retablo de la primera mitad del siglo XVIII formado por dos cuerpos y articulado por estípites que forman tres calles. La central posee una hornacina que acoge a la imagen de candelero de Nuestra Señora de los Dolores, flanqueada por lienzos de medio punto que representan a San Bartolomé y San Juan Bautista. En el segundo cuerpo, un lienzo de la Santísima Trinidad.
También en el crucero se encuentra un retablo dedicado en la actualidad a Santa Rita. Consta de mesa de altar y un cuerpo articulado en tres calles por columnas corintias que soportan un entablamento sobre el cual apoya un ático con un lienzo de la Sagrada Familia. La calle central posee una hornacina con la imagen de la santa, flanqueada por dos cuadros de San Juan Bautista y San Pedro. Es muy probable que este retablo no tuviese la advocación actual. El programa iconográfico y la presencia de símbolos de la pasión sobre la hornacina hacen pensar en alguna imagen relacionada con Jesús.
El presbiterio acoge al retablo de mayor importancia de la iglesia. El retablo mayor consta de sotabanco, banco con sagrario y dos cuerpos con tres calles. El primero articulado con cuatro columnas salomónicas en cuyos intercolumnios se abren hornacinas. Y el segundo, con pilares que engloban un lienzo central también con dos hornacinas laterales. El retablo es del último tercio del siglo XVII, en 1674 ya estaba construido, si bien presenta algunas modificaciones en el expositor. Su programa iconográfico está relacionado con la Orden Agustina. La hornacina central muestra una imagen de Jesús Nazareno, titular de la Cofradía, y que sustituye a la del Divino Indiano, imagen traída de Méjico y de gran importancia para el convento. A sus lados esculturas de San Agustín y Santa Mónica. El segundo cuerpo está presidido por un lienzo de la Inmaculada, donado en 1676 y dos imágenes de San Gelasio y San Nicolás de Tolentino.
La iglesia contiene a lo largo de sus muros diversos cuadros, algunos dignos de mención, como el situado sobre la puerta de la sacristía, con la Presentación del Niño en el templo. Otro con la representación de San Agustín en la nave central en el lado del evangelio. San Nicolás Tolentino y Santa Lucía situados en la epístola y una mención al escudo o cartela de la Orden, aunque repintado, situado sobre el coro alto y flanqueado por las Santas Melania y Cristina. Existe también en la nave central un aguamanil de mármol cuya base está formado por un ángel acabado en ménsula y que fue realizado en 1675.