Desde la Sala Capitular se accede directamente al presbiterio de la iglesia. Esta del tipo de cajón, de una sola nave, está dividida en cuatro tramos mediante parejas de pilastras toscanas que soportan una bóveda de cañón con arcos fajones y lunetos. Estos arcos, así como otras zonas de la iglesia, se encuentran decorados con yeserías mixtilíneas. En las paredes, haciendo las veces de zócalo, nos encontramos con azulejos de Delft, mientras que los pedestales de las pilastras, que componen el conjunto de la nave, son de mármol. A los pies de la iglesia se sitúa el coro alto.
En el primer tramo de la iglesia existen dos medias lunas con pinturas de mediados del siglo XVIII. La del lado del Evangelio, donde se sitúa el órgano, representa una gloria de angelotes. En el lado opuesto, sobre el cancel, existe otra media luna de parecida temática y composición.
Los retablos de la nave pueden datarse en conjunto a mediados del siglo XVIII. Es interesante resaltar el primer retablo que se encuentra en el lado del evangelio, con lienzo donde se representa el Triunfo de la Cruz con San Pantaleón y San Visicino, San Cosme y San Damián, obra de Antonio Pozo al igual que el resto de los cuadros que aparecen en los retablos.
El siguiente, de principios del siglo XVIII, está sustentado por columnas salomónicas y dividido en dos cuerpos y ático. Debió estar dedicado a San José, dada la profusión de símbolos referentes a él. En la actualidad se encuentra ubicada una imagen de Santa Beatriz de Silva, fundadora de la Orden, obra contemporánea del escultor Alfonso Berraquero.
El último retablo, anterior al ámbito del Presbiterio , cobija un lienzo de la Virgen del Carmen, rodeada de angelotes, con marco de rocalla y flores pintadas, inspirado en los grabados de Klaubert. En la zona inferior del cuadro figura una inscripción que hace referencia a uno de los personajes que intervino en la reconstrucción del convento: "A devoción de Dn. Alexandro Pavia año de 1762".
El lado de la epístola consta también de tres retablos iguales a los del evangelio. En el primer tramo se encuentra el cancel, que protege el acceso a la iglesia.El primer retablo, que nos encontramos después de la puerta de entrada a la iglesia, cobija un cuadro representando a San Miguel Arcángel dentro de un arco de medio punto enmarcado por estípites.El siguiente retablo de la epístola, está compuesto de una hornacina con estípites un cuerpo y ático. En la hornacina se encuentra la escultura del Cristo del Prendimiento del siglo XVIII, posiblemente genovés y que era titular de una cofradía, hoy desaparecida. En el ático se sitúa un grupo escultórico de la Oración del Huerto en madera policromada, datable en la primera mitad del siglo XVIII y también relacionado con la escuela genovesa.En el último retablo de este lado, está situada una pintura que representa a María Magdalena llevada por ángeles en el momento de su asunción.El el presbiterio, de planta poligonal, se encuentra el retablo mayor.