La Historia con sus avatares también traspasó sus muros y aunque, como afirma la Cronista, nunca fue atacado el Monasterio ni sus moradores, sí tuvieron que abandonarlo en algunos momentos críticos de la historia de la ciudad. Así sucedió durante el siglo XVIII, en que por tres veces tuvieron que trasladarse temporalmente al convento de Jesús Nazareno de Agustinas Recoletas de Chiclana. La primera, el 23 de agosto de 1702 ante la aparición de la flota anglo-holandesa, llegando a Chiclana el 25 de agosto, una vez allí todas debieron huir a Medina Sidonia, al convento de Jesús María y José donde permanecieron hasta octubre. Un segundo traslado a Chiclana, durante el cual murió Sor Ana María de la Concepción, se realizó en 1705 y el último en 1797, todos motivados por amenazas bélicas.
En cambio, en 1810, debido a la invasión francesa fue centro de reunión y casa hospitalaria de monjas procedentes de diversos lugares del país, llegando a tener en ese momento hasta ochenta religiosas. Algo semejante ocurrió en la Guerra Civil, durante la cual acogieron a las hermanas del vecino monasterio de Santa María hasta 1938 en que volvieron a ocupar el edificio.
Desde entonces hasta nuestros días han continuado sin interrupción con su vida de oración estableciéndose una especial vinculación con la ciudad que, en palabras de la Madre Abadesa, siempre las ha protegido y cuidado. En la actualidad habitan el convento doce monjas que regulan su vida en función de la oración en comunidad según las horas canónicas: laudes, tercia, sexta, nona y víspera; la oración privada; la custodia o vela del Santísimo Sacramento, que públicamente se hace todas las tardes y los domingos y festivos durante toda la jornada, y el trabajo relacionado con el mantenimiento del monasterio y el funcionamiento del obrador de repostería que mantienen en activo. Si bien, hace unos veinte años disponían también de un taller de bordados de ajuar litúrgico.