Como se ha podido observar, desde su fundación, el Monasterio ha vivido momentos de gran esplendor, no sólo por las donaciones del Capitán Diego de Iparraguirre, sino también por la cantidad de bienhechores, como Manuel de Casadevante, con las que las religiosas han contado a lo largo de su historia. Pero entre los momentos críticos habría que señalar el periodo de la Desamortización religiosa, en el que se le incautaron al cenobio las 307 fanegas y 413 aranzadas que le producían una considerable renta y que hasta entonces les permitía llevar una vida cómoda.