Este, conocido como el códice de Sanlúcar, se encuentra en la actualidad custodiado en el convento en una urna realizada por el platero sevillano don Manuel Seco. El convento lo posee, como ya dijo la Madre Andrea, en "perpetua posesión". La misma hermana aconsejaba no cederlo "ni por un momento de tiempo". El manuscrito, en el que de su propia mano San Juan de la Cruz corrigió los errores del escribano, se encuentra encuadernado en un sólo volumen con cubiertas bordadas en azul, verde y rojo.