Es de una sola nave, con cuatro tramos más el doble coro a los pies. El prebiterio aparece elevado mediante gradas centrales. La compartimentación de los muros se resuelve mediante pilares con pilastras en los que apean los arcos fajones que forman la bóveda de cañón con lunetos que cubren la iglesia.
La decoración de la iglesia está compuesta por cinco retablos y diversas imágenes. En su muro izquierdo se halla un retablo de orden jónico realizado en la primera mitad del siglo XIX, en cuya hornacina central se ubica la imagen de la Virgen del Carmen. Las mismas características y datación presenta el dedicado a Jesús con la Cruz a cuestas. En el muro frontero existen otros dos retablos. El primero formado por un sólo cuerpo más ático y con columnas corintias, presenta en su centro un lienzo de la Coronación de la Virgen firmado "Francisco de Vega 1865, fecit". En el banco se halla una imagen de la Virgen del Rocio. La mesa de altar en forma de ménsula presenta un relieve central con el Bautismo. Junto a este, otro retablo de orden corintio presenta en su hornacina central una Virgen Dolorosa de candelero del siglo XIX. El retablo mayor, también del siglo XIX, se estructura en un cuerpo dividido en tres calles y rematado por un ático.
La decoración se completa con el crucificado conocido por el Cristo de la Misericordia del siglo XV y por el lienzo, ya citado de la fundación del Convento del Espíritu Santo jerezano.
La importancia del convento portuense del Espíritu Santo para la comunidad de la bahía gaditana fue tal, por su funciones sociales y religiosas, que poco después de su fundación daría origen a otras dos. La primera, dedicada a la recogida de niños expósitos, fue fundada en Rota en torno a 1540, aunque desgraciadamente no tardó mucho en desaparecer. La segunda, fundada en Jerez de la Frontera bajo la advocación de San Cristóbal, pronto llegó a un alto grado de esplendor aunque igualmente se perdió tras la desamortización.