El lado de la epístola de la iglesia queda ocupado por la capilla del Nazareno, que está articulada por dos tramos y un tercero que actúa de tránsito desde la puerta de la iglesia. Este espacio funciona casi como una iglesia dentro de la iglesia y los días de adoración del Nazareno puede observarse un constante fluir de fieles que de forma rotativa van ocupando los asientos de la capilla, mientras que el resto de la iglesia permanece casi vacía. La capilla consta de presbiterio con retablo mayor, un tramo con retablos laterales y cubierto por cúpula, sacristía, así como su propia puerta con cancel y portada exterior. Como vimos, fue diseño de Alonso de Vandelvira siendo ampliada a finales del siglo XVII. Sin embargo, a mediados del siglo XVIII se produce todo un proceso de reformas esencialmente decorativas. Escultores, ensambladores, tallista y alarifes trabajan en el revestimiento ornamental de este espacio, cuyo resultado produce un fuerte contraste con la ya comentada sobriedad ornamental del resto del inmueble, más basado en la estructura arquitectónica, resultando así la convivencia de dos fórmulas estéticas diferentes, la manierista y la barroca. La capilla es sede de la Cofradía cuyo titular es la imagen de Jesús Nazareno.
Los pequeños retablos laterales dedicados a San José y a la Magdalena fueron obra de Benito de Hita y Castillo y Julián Ximénez y están fechados en 1759. A este último pertenece los relicarios de Santa Gertrudis y Santa Rita, y al primero los relieves de los evangelistas que decoran las pechinas. A todo este conjunto de tallas y retablos hay que sumar la gran colección de azulejos de Delft que recubren los muros de la capilla. Fueron donados por los hermanos, de origen armenio, David, Paulus y Jacome Zucar entre los años 1670 y 1679. En ellos se recogen escenas bíblicas y retratos de papas, santos, reyes y emperadores en un total de diez paneles que están enmarcados por guardillas de azulejos sevillanos con la cruz de Jerusalén, insignia de la cofradía.