Casi cien años más tarde que la pintura que adorna el sepulcro del Deán Don Gonzalo, en la Capilla de Santa Lucía, fue realizada la escena del Bautismo de Cristo que se encuentra en el Altar de San Juan Bautista. Dicha pintura apareció, en 1989, al desmontarse el retablo de la Encarnación, advocación con la que también se conoce dicho altar.
A pesar de que algunos autores remontan su realización al siglo XIII, nuevas investigaciones la ponen en relación con Juan Muñoz, canónigo de la Catedral de Toledo y oriundo de Córdoba, ya que en su testamento, dado el 9 de septiembre de 1390, creaba una capellanía en este lugar, dado por el cabildo para su enterramiento.
Su anónimo autor utiliza el temple, sobre un mortero de cal y arena, y la talla y el dorado para las coronas y algunos motivos ornamentales de los ropajes. La escena está compuesta por las figuras de San Juan y Jesucristo. El primero de pié, vestido con túnica de piel de camello y un manto, sostiene una vasija entre las manos. Cristo, a su lado y con paño de pureza, se encuentra arrodillado. En los laterales dos altos montículos con árboles, sirven de apoyo a dos ángeles que contemplan el acontecimiento