La Iglesia de Santiago presenta planta con tres naves y dos de capillas entre contrafuertes, separadas por robustos arcos de medio punto sobre pilares cuadrangulares que se transforman en columnas apilastradas corintias totalmente decorativas, al romper su fuste una hornacina avenerada sobre peana de placa recortada con elementos vegetales. Esta composición constructiva desarrolla un interior riquísimo a base de fajones doblados y yeserías derramándose por ellos, abriéndose con lunetos que cobijan ventanillas ovales abocinadas, resaltando las aristas con baquetones mixtilíneos que limitan espacios para la decoración vegetal que lo envuelve.

Esta obra, aunque prevista para 1705 no se terminó hasta cincuenta años más tarde. Bajo la bóveda central se oculta una magnífica armadura mudéjar que se cortó por el arco toral al hacer la cúpula barroca del presbiterio.

La capilla mayor cambió su bóveda de nervios por una cúpula semiesférica sobre pechinas, dos amplias junto a los torales y cuatro pequeñas adaptadas a los ángulos del muro poligonal que cierra la cabecera.

En ellas un carnoso acanto se opone a la complicada trama vegetal que alrededor de una venera ocupa las pechinas más amplias; los mismos motivos aparecen en los segmentos de la bóveda encerrados en baquetones mixtilíneos separados por finos nervios con decoración colgante que confluyen en la complicada piña central. En el testero de los pies se elevó el coro entre dos fustes acanalados que apoyan en ménsulas en la base del pilar y se abre a las tres naves con tribunas de perfil muy movido y base plana con baquetones encerrando las yeserías.

Las naves laterales, ligeramente más bajas que la central presentan una estructuración semejante; columnas pareadas se adosan a los pilares sosteniendo una bóveda de cañón con amplios fajones con yeserías y lunetos encerrando sencillas ventanas. Entre los pilares se abren capillas hornacinas, generalmente cubiertas con bóveda de horno sobre pechinas. Cierran las naves laterales por la cabecera dos capillas que vale la pena destacar; la Capilla del Pilar y la Capilla del Santísimo.

Al exterior, la fachada refleja las tres naves a distinta altura. Sus muros son de mampostería y ladrillo ya parecen encalados. Tan solo la torre sobresale destacando su volumen sobre el resto de la iglesia. En la fachada aparecen tres portadas; la principal, hoy tapiada, es de arco apuntado con dos arquivoltas, la última de las cuales es un arco conopial señalado desde la línea de impostas por un fino bocel. La enmarca un alfiz que parte del suelo, tangente a las jambas, formado por fino baquetón que se remata en los extremos superiores por pirámides y cornisa. Corona esta portada la Cruz de Santiago en relieve con una concha a cada lado. Las portadas laterales son de piedra blanca, con arco de medio punto entre sencillas pilastras acanaladas compuestas en la misma pieza.

La torre de Santiago es considerada como la primera obra plenamente mudéjar que se construye en Málaga. En planta, muestra un espacio cuadrado interrumpido por los huecos de sus ventanas y uno de sus lados totalmente abierto y flanqueado por dos pequeños salientes. Al exterior, la torre presenta tres cuerpos; el primero carece de adornos, solo flanqueado por grandes pilastras que enlazan con una cornisa de poco vuelo. El segundo cuerpo, por tres de sus frentes lleva sobre un rectángulo rehundido una decoración de rombos, hecha en ladrillo recortado, que parte de seis columnillas con capitel de ladrillo. La decoración ocupa el centro de la fachada. El tercer cuerpo, marca también un rectángulo rehundido carente de decoración excepto un doble tondo de resaltados bordes de ladrillo. Se cubre con cúpula semiesférica adornada de azulejos vidriados.

La Iglesia de Santiago fue fundada por los Reyes Católicos el 25 de Julio de 1490. La erección de las parroquiales del obispado de Málaga realizada por el arzobispo de Sevilla Diego de Deza en 1505 y a instancia de la reina, se cita la vicaria de Málaga, siendo la parroquia de Santiago la primera inscrita, con un beneficio y una sacristía. En 1507 el obispo de Málaga solicitó permiso real para reformar esta primera erección. Así pues, la Iglesia de Santiago se funda en 1490, concluyéndose su fábrica en 1545.

Numerosos historiadores opinan que Santiago se levanta sobre una mezquita, por esa razón era opinión generalizada considerara la torre como antiguo alminar. Las siguientes noticias de la parroquia de Santiago se retrasan hasta el siglo XVIII. Parece ser que en 1701 sufre una importante reforma solicitada por el mayordomo de fábricas menores.

En 1756 se obtiene de nuevo licencia de construcción para reparar los daños que sufría la iglesia por el muro del cementerio. En 1936 la iglesia sufre numerosos desperfectos como consecuencia de la guerra civil. A esto se sumaron los causados por el peso de la bóveda del presbiterio en el pilar donde se apoya. Todos esto desperfectos fueron subsanados en 1944, en la reforma realizada por Enrique Atencia.