Si interesante es el patio, no menos lo es la escalera. Situada en uno de los ángulos claustrales, actúa de elemento de conexión entre el patio, el coro bajo y el coro alto. La escalera, de gran presencia arquitectónica, muestra un bello juego de mesetas y tramos que forman hasta seis niveles en los que alternan descansillos y accesos a plantas. A este diseño arquitectónico, que recibe luz natural de ventanas situadas en la bóveda, se une el contraste entre muro y arcos del arranque y la gran cúpula ovalada de perfil ondulado. Esta fue realizada a mediados del siglo XVIII, y patrocinada por Lucas López Barrios, Vicario del convento y Secretario del Obispo Tomás del Valle, cuyo retrato pintado por Juan María Botín se encuentra colgado en la misma escalera.