Primitiva mezquita de época califal, que tras la conquista cristiana fue cedida a los Caballeros de la Orden de San Juan de Jerusalén.
Lo que único que se conserva de la época califal es el alminar de la mezquita .
Tras la conquista cristiana, este templo fue la parroquia que daba nombre a la collación creada por Fernando III.
Según algunas fuentes la iglesia fue absolutamente transformada en 1637, siendo obispo Fray Domingo Pimentel, y en 1799 con Agustín de Ayestarán y Landa.
A pesar de las reconstrucciones, mantiene la estructura general de templo mudéjar con tres naves y cabecera plana y triple.
Las primitivas cubiertas lignarias de las naves fueron sustituidas por otras de arista. A los pies, junto a la puerta de ingreso, puede verse la torre islámica.
La fachada principal está situada a los pies y presenta un vano de medio punto flanqueado por columnas sobre los altos basamentos que sostienen un entablamento y un frontón partido con hornacina donde se aloja un busto del Sagrado Corazón. En el lado izquierdo hay otra portada, de sencillo esquema adintelado que remata con un frontón partido.
Entre las piezas de ajuar conservadas no hay obras medievales, conservándose algunas piezas a la etapa barroca.
En el ábside izquierdo hay un templete con sagrario, datable a finales del XVIII, en cuyo interior se aloja una talla de la Inmaculada de la misma época.
Por lo que se refiere a las pinturas que cuelgan de los muros, hay que citar la
Epifanía, que copia un grabado de Rubens, y la aparición de la
Virgen del Rosario a
Santo Domingo y Santa Rosa, consideradas del XVII. Ya del XVIII son el Jesús con la cruz a cuestas, San Francisco en oración, la Aparición del Niño Jesús a San Antonio, San Acisclo y Santa Victoria y la Virgen con el Niño, todos ellos anónimos de escuela local. El lienzo de la Inmaculada situado en el muro derecho es obra firmada y fechada por
Antonio de Torres en 1724.
En 1980 al cumplirse el centenario de la cesión del templo a las Esclavas se realizaron en la iglesia importantes obras de reforma encomendadas al arquitecto Francisco Raya. Fruto de estos trabajos son una serie de obras de estética contemporánea que han venido a enriquecer el patrimonio de la iglesia.
Entre estas reformas destaca el presbiterio en el que se ha dispuesto una estructura arquitectónica a dos niveles, uno inferior donde se ve al Crucificado y otro superior en forma de medio punto en el que figura la Santa Cena, obra de escuela cordobesa de hacia 1600, que estuvo antaño en la capilla del Sagrario.
El ábside de la derecha se transformó en una capilla de bóveda semiesférica apoyada sobre pechinas. Están decoradas con inscripciones alusivas a la fundadora de la congregación. El muro frontero se adorna con una escena, obra de Eduardo Corona, en la que se representa la aparición de la Custodia a
Rafaela María.
En el atrio se han colocado unos azulejos alusivos a la fundadora, Santa Rafaela María de Porras, realizados por Tomás Egea Azcona.
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