Se asienta en el recinto de la antigua judería cordobesa, situada, a su vez, en la zona occidental de la
Medina, una de las dos partes, junto con la Ajerquía, en que se dividía la ciudad musulmana.
Dentro de la judería, la sinagoga se alzaba muy cercana a la muralla exterior de la ciudad, junto a una calle, hoy llamada de los Judíos, que partía de la cercana
Puerta de Almodóvar y moría en la placeta que hoy se llama de
Maimónides, discurriendo siempre de forma paralela a la cerca.
El edificio que hoy resta, núcleo de oración, carece de salida directa a la calle y tras un patinillo se halla su puerta de entrada que da acceso a una especie de atrio, sobre el cual va la tribuna para las mujeres que asistían a los rezos. La sala de oración es aproximadamente cuadrada, de 6,95 por 6,37 metros, y todas sus paredes ofrecen una compleja decoración de yeserías cuyo estilo recuerda lo que en su época se hacía en Granada. Es un pequeño elemento que a buen seguro formó parte de un complejo mayor, junto con las dependencias de los rabinos y la madraza. Queda encajado en la franja de edificaciones que separa la calle de los Judíos y la muralla, sin que, por su volumen o características, tenga una presencia significativa en el contexto urbano en que se asienta.
En alzado, los muros de la primera sala no presentan ningún elemento estructural u ornamental, no estando cubiertos por ningún tipo de revoco. En el piso superior, los muros tienen embutidos algunos restos de la decoración existente en la sala de oración.
Las paredes de la sala de oración presentan decoración de yesería en sus dos tercios superiores. Sobre ésta descansan los ventanales, con arcos de medio punto, que sirven de base a la cubierta. En el muro sur, dicha decoración es interrumpida por tres arcos, que en forma de tribuna, comunican con la zona destinada a las mujeres. En los frentes este y oeste aparecen los dos arcos en forma de hornacinas, que se corresponden, respectivamente, con el Arón y la Bimá.
En cuanto a las cubiertas, la sala de oración tiene cubierta de madera a cuatro aguas, mientras que el vestíbulo y la tribuna presentan techumbre plana con vigas de madera. Al exterior se trasdosan con cubiertas de tejas, la primera, a cuatro aguas y, la segunda, a un agua.
Entre los años 2014 y 2018 se han realizado excavaciones arqueológicas en los alrededores de la sinagoga. Estos trabajos han aportado nuevos datos sobre la sinagoga y de épocas anteriores a ella. Así, se ha localizado lo que podría ser un muro que formaría parte de la muralla romana, los restos de una casa que fue coetánea a la sinagoga, un ramal del acueducto que proveniente de la
Puerta de Almodóvar abasteció en su momento a la sinagoga.
Se han documentado también una serie de salas que formarían parte del complejo de la
Sinagoga (una mikvé doméstica -un baño ritual utilizado para la ablución necesaria para los ritos de pureza familiar- , y un patio en derredor del santuario).
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